อยู่มาวันหนึ่ง โนบิตะได้พบเจอกับ ยานอวกาศขนาดเล็กเข้าโดยบังเอิญ และภายในยานนั้น ได้เจอกับมนุษย์ต่างดาวขนาดจิ๋วชื่อว่า ปาปิ ซึ่งได้หลบหนีกองทัพ PCIA มาจากดาวพิริกาของเขา โดราเอมอนและผองเพื่อนจึงใช้ ไฟฉายย่อส่วน เพื่อให้มีขนาดเท่ากับปาปิ และสร้างมิตรภาพระหว่างเพื่อนกับปาปิได้ แต่แล้วเมื่อมียานอวกาศรูปปลาวาฬไล่ตามปาปิ มายังโลกเพื่อมาจับตัวปาปิ และยังโจมตี โดราเอมอนและเพื่อนๆ ปาปิจึงโทษตัวเองว่าเป็นต้นเหตุของเรื่อง ปาปิจึงลุกขึ้นต่อสู้กับกองทัพ PCIA ด้วยตัวเอง เพื่อปกป้องดาวพิริกา และช่วยเหลือปาปิ โดราเอมอนและเพื่อนๆ จึงรวมพลังเพื่อช่วยเหลือปาปิ สหายตัวจิ๋วของพวกเขาจากเงื้อมมือของกองทัพ PCIA ที่เข้ามารุกราน
