เจสซีวัย 16 ปีและแรนดอล์ฟสหายเก่าพยายามขัดขวางการล่าวาฬที่ผิดกฎหมายที่บ่อนทำลายวิลลี “Free Willy 3 : The Rescue” และเพื่อนที่กำลังตั้งท้องวาฬวิลลีกลับมาอีกครั้งคราวนี้ถูกโจมตีโดยผู้ล่าสัตว์เถื่อนที่นำเงินมาเป็นซูชิ ปัจจุบันเจสซีอายุ 16 ปีได้รับการว่าจ้างในการขนส่งที่มีการสืบสวนเพชรฆาตร่วมกับแรนดอล์ฟเพื่อนเก่าและนักวิจัยที่เยาะเย้ย Drew บนเรือของนักล่าปลาวาฬคือกัปตันจอห์นเวสลีย์และแม็กซ์ลูกวัย 10 ขวบของเขาซึ่งโดยทั่วไปไม่พอใจกับงานของพ่อ แต่ก็ไม่มีความคิดที่จะพูดมากนัก ระหว่างทางวิลลีกลับมารวมตัวกับเจสซีซึ่งช่วยเหลือแม็กซ์ด้วยความเข้าใจว่าปลาวาฬเป็นมากกว่าเบอร์เกอร์เชดดาร์
