หลังจากการโจมตีของ Godzilla ครั้งก่อน การแข่งขันด้านอาวุธขนาดจิ๋วก็เกิดขึ้นเพื่อรวบรวมเซลล์ของเขา ด้วยความกังวลเกี่ยวกับการกลับมาของก็อดซิลล่า รัฐบาลญี่ปุ่นจึงใช้เซลล์เหล่านี้เพื่อสร้างอาวุธชีวภาพชนิดใหม่ ANEB (แบคทีเรียต่อต้านพลังงานนิวเคลียร์) พวกเขาขอความช่วยเหลือจากนักพันธุศาสตร์ เกนชิโร ชิรากามิ ซึ่งการทดลองส่งผลให้เกิดการกลายพันธุ์ครั้งใหม่
